Konfederačný generál Thomas „Stonewall“ Jackson zachytáva Harpersa Ferryho vo Virgínii (dnešná Západná Virgínia) a približne 12 000 vojakov Únie, keď sa armáda generála Roberta E. Leeho pohybuje na sever do Marylandu.
Federálna posádka vo vnútri Harpers Ferry bola zraniteľná po útoku Konfederácie po Leeovej invázii do Marylandu v septembri. Strategické mesto na rieke Potomac bolo odrezané od zvyšku armády Únie. Generál George B. McClellan, veliteľ armády Potomac, poslal generála Únie Dixona Milesa, veliteľa posádky trajektu Harpers Ferry, aby mesto držal za každú cenu. McClellan sľúbil pomoc, ale musel sa vysporiadať so zvyškom Konfederačnej armády.
Jackson nasadil delostrelectvo na miesto a 14. septembra začal strieľať z mesta. Yankeesovi chýbala munícia a Miles ponúkol malý odpor predtým, ako súhlasil s kapituláciou ráno 15. septembra. Ako pomoc Milesovi, generál Julius White, išiel do Jackson rokoval o podmienkach odovzdania, jeden kanón Konfederácie pokračoval v paľbe. Miles bol smrteľne zranený posledným výstrelom z Harpers Ferry.
Yankees odovzdal 73 delostreleckých diel, 13 000 pušiek a asi 12 000 mužov v Harpers Ferry. Išlo o najväčšie kapitálové odovzdanie Únie.
Pád Harpers Ferry presvedčil Lee, aby zmenil svoje plány. Potom, čo 14. septembra utrpel ťažké straty v Marylande v bitke pri South Mountain, na severovýchod od Harpers Ferry, Lee mal v úmysle zhromaždiť rozptýlené jednotky a vrátiť sa do Virginie. Teraz, keď bol Harpers Ferry v bezpečí, privolal Jacksona, aby sa pripojil k zvyšku svojej sily v Sharpsburgu v Marylande. O dva dni neskôr, 17. septembra, Lee a McClellan bojovali v bitke pri Antietame.
