Dva dni ťažkých bojov sa skončili neďaleko Pittsburghu pristátie v západnom Tennessee. Bitka o Shiloh sa stala víťazstvom Únie po tom, čo bol útok Konfederácie zastavený 6. apríla a čerstvé jednotky Yankee vyhnali Konfederáciu 7. apríla z poľa.
Shiloh začal, keď generál Únie Ulysses S. Grant priviedol svoju armádu po rieke Tennessee do Pittsburghu Landing v snahe presunúť sa na Korint, Mississippi, 20 míľ na juhozápad. Obsadenie Únie v Korinte, hlavnom železničnom stredisku, by umožnilo Yankeesom ovládať takmer všetky západné Tennessee. V Korinte nečakal generálny konfederát Albert Sidney Johnston na útok na Granta. Posunul svoju armádu smerom k Grantovi, štrajkoval sa ráno 6. apríla. Konfederácie počas celého dňa Yankees vyhnali späť, ale nedokázali prelomiť línie Únie, kým temnota nezastavila postup. Prvý deň bol zabitý Johnston, takže generál Pierre G. T. Beauregard prevzal velenie nad jednotkou Konfederácie.
Teraz sa k Grantovi pripojil predvoj Buellovej armády. Grant mal výhodu v počte vojakov, protiútok 7. apríla. Unavení Konfederanti pomaly ustupovali, ale Yankeesovi spôsobili ťažké straty. Za súmraku prinútila Únia Konfederácie späť do kostola Shiloh a znovu zachytila príšerné pripomenutia bitky z predchádzajúcich dní, ako sú hniezdo sršňov, ovocný sad broskyne a krvavý rybník. Konfederácia nakoniec kulminovala späť do Korintu, čím Grantovi udelila veľké víťazstvo.
Náklady na víťazstvo boli vysoké. Sily Grantov a Buellov dosiahli spolu 62 000, z toho 1 754 bolo zabitých, 8 408 bolo zranených a 2 885 bolo zajatých alebo nezvestných za celkom 13 047 obetí. Z 45 000 zapojených konfederátov bolo zabitých 1 723 osôb, 8 012 zranených a 959 nezvestných, celkovo 10 694 obetí. 23 741 obetí bolo päťkrát vyššie ako v prvej bitke o Bull Run v júli 1861 a boli to viac ako všetky hlavné vojnové bitky (Bull Run, Wilson's Creek, Fort Donelson a Pea Ridge) kombinované k tomuto dátumu. Pre všetkých v Únii a Konfederácii bolo triezvo pripomenutie, že vojna bude dlhá a nákladná.
